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由于微生物全基因組的序列分析現(xiàn)在已經(jīng)很常見,這樣以全基因組
序列來考慮系統(tǒng)發(fā)育關系也是可能的。
根據(jù)特異的16S rRNA核苷酸序列設計出的探針可以被直接應用于完
整細胞的檢測,探針能夠滲透到經(jīng)過處理的細胞表面內與相應的核糖體
16S rRNA核苷酸序列雜交。當這些探針被熒光或放射性同位素標記時,
與探針發(fā)生反應的細胞能夠直接分別被熒光或放射自顯影觀測到。這種
熒光顯微技術稱為熒光原位雜交技術(VlSn)。16S rRNA探針可以是針對
屬,也可以針對種,還可以針對特定的菌株設計。這種方法的前提是基
因可以被激活轉錄(一些重要地質微生物的代謝率可能非常慢以至于存
在的rRNA不足以被檢出),它只適用于已知序列,并且存在著相關但非
靶向的基因干擾鑒定等問題。這些問題的第一個解決方法是催化報道子
放大信號技術;這種技術已被用于環(huán)境土壤和金屬膜表面的生物鑒定。
另一種技術——染色體繪制技術,可以利用熒光標記的核苷酸探針,用
于直接靶定基因組DNA,而不需要在基因表達的情況下鑒定特異序列。
除了生物探針用于鑒定已知序列,各種不依賴培養(yǎng)的分子生物方法
可以用來檢測環(huán)境中的(新)物種,并評估微生物的多樣性。依靠聚合酶
鏈式反應技術(PCR)以靶向16S rRNA(16S rDNA)基因為模板,能夠在DNA
提取物中擴增到16S rRNA基因。擴增出混合的16S rDNA必須被解析。一
種方法是應用克隆方法。每個克隆的16S rDNA用PCR再次擴增并確定rRN
A核苷酸序列。這有時會涉及建克隆文庫。
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